1942年（昭和17年）3月3日、日本ハムの前身となる「徳島食肉加工場」が設立された。

創業者の大社義規（おおこそよしのり）はそれまで勤めていた香川県養豚組合の経験を活かして、総勢7名で独立を果たし、JR四国の徳島駅に近い徳島市寺島本町に、2階建て30坪の商家を工場に転用した。当時は戦時下にあったため、操業から2年半あまりで、大社は召集され、加工場は開店休業状態となった。大社は終戦を鹿児島県鹿屋市で迎えたが、1945年7月4日の大空襲で徳島食肉加工場は焼失していた。加工場だけでなく、従業員も設備も失った大社は、香川県養豚組合と委託加工契約を結び、徳島の農家から原料肉を集荷し、組合で製造したハムやソーセージを高松から船で運び、京阪神地区で販売した。世情も落ち着いた1948年8月、徳島食肉加工場は、徳島市万代町に新工場を開設することができた。

学業を断念した大社が19歳から8年間勤めていた香川県養豚組合。

新工場は毎年のように増改築し、設備投資を重ね、「新鮮な原料肉を常に使用する」という大社の意向で食肉加工処理場も併設した。戦後の食糧難も改善され、ハム･ソーセージの需要が高まると、食肉加工品メーカー間の競争が激しくなった。優秀な人財を確保するため、1951年12月30日、資本金150万円で「徳島ハム株式会社」に組織変更を果たした。1952年1月には大阪出張所を大阪支店に昇格し、同年神戸、岡山、高松に出張所を開設した。

1963年8月1日、徳島ハムと鳥清ハムが合併し、「日本ハム株式会社」が誕生した。

合併の数年前となる1960年6月、政府によって貿易為替自由化計画大綱が決定され、3年後の輸入自由化品目を引き上げる目標が明らかになっており、いずれ外国資本による日本企業への直接投資が認められるのは時間の問題だった。アメリカには巨大資本を持つ食肉加工品メーカーが多いことから、危機感を抱いた経営陣の決断で合併に至った。社名は従業員の応募約300件のなかから、多数を占めた「日本ハム」に決定した。合併により食肉の処理加工場数ヵ所のほか、食肉加工品の製造工場は旭川、網走、茨城、東京、和歌山、大阪2ヵ所、徳島、広島、宮崎の10ヵ所となり、売上高も国内のハム・ソーセージのメーカーでトップとなった。

後に日本ハムのロングセラー商品となる皮なしタイプのウインナー「ウイニー」は1966年2月に全国発売された。1960年以降、ウインナーの生産量が急激に伸長し、ウインナーの専門メーカーまで設立されたほどだった。当時のハム・ソーセージは「徳島ハム」など、社名で販売されることが多かったため、呼びやすくウインナーを想像させる「ウイニー」という商品名は画期的と言われた。1972年にはテレビCMに商品キャラクターの「ウイニー坊や」が登場。このキャラクターは発売から55年以上経った現在でも商品のパッケージに使用されている。

徳島ハム時代から、ハム･ソーセージ製造工場に食肉加工処理場を併設していたことから、日本ハムはハム･ソーセージなどの加工品と食肉を扱う数少ない会社であったが、1958年に食肉の販売組織を新設し、レストラン、食肉専門店への卸売り業務を始めた。1965年前後は、鶏肉の消費量が著しく伸長し、6年間で7.8倍も増えた。すでに、パックした業務用を発売していたが、安定した供給体制を目指し、共同出資によって月産30万羽の「日本ブロイラー（株）」（現在の日本ホワイトファーム（株））を1968年3月に設立した。また、1970年には食肉専門の販売会社ジャパンフード（株）を設立した。

以前よりモニター制度は採用していたが、お客様の生の声を商品政策に反映させようと、お客様と経営陣の双方向で対話する「奥様重役会」制度が1969年9月にスタートした。初回の奥様重役は京阪神地区10名の定員に対し、500名近い応募があった。6カ月の任期で、月に1度の定例会議において新製品開発のアイデアを提出いただいた。初回、第2回の奥様重役会から、子どもをターゲットとしたヒット商品「ブンタッタソーセージ」が生まれた。現在も大阪、東京でこの制度は継続され、お客様のご意見を伺っている。

1968年にスタートしたファーム事業は、1977年に八雲ファーム（株）、1978年砂原ファーム（株）、1983年に知床ファーム（株）や東北ファーム（株）などを設立し、年々拡大していった。1994年に鶏と豚の畜種別の2社に統合したのが、現在の日本ホワイトファーム（株）、日本クリーンファーム（株）であり、それぞれの生産量は国内最大規模となっている。また、1996年には、全国6カ所の処理加工会社を、日本フードパッカー（株）に統合した。自社インテグレーションの強化により、食肉の安定的な供給とともに、食の安全・安心を確保することに努めている。

1971年、ハム・ソーセージ、食肉に続く主力事業として、加工食品の製造に取り組むため、食肉事業部の商品開発課を新設した。最初の商品は、家庭で使用される機会がほとんどない「牛ホルモン」の惣菜だった。「牛ホルモン」は食肉の処理加工場である諫早工場の隣に設置されたテストプラントで製造された。1973年からは外食店向けのハンバーグの生産も開始し、以降主力商品の一つとなった。1975年には諫早プラントが完成し、1979年4月に日本ハム食品（株）を設立し、翌年より三重県にある桑名プラントを稼動させた。

1981年7月、マリンフーズ（株）に出資し、その事業を継承した。マリンフーズは水産物の輸入問屋として1964年に設立後、イカや魚卵、クラゲなどを原材料とする生珍味加工メーカーとして急成長した。事業継承後は、生珍味加工を中心にレトルト製品、水産加工食品全般に製造品目を拡大した。現在は、水産加工品の製造・販売を手がけ、なかでも寿司ネタとなる魚介類の加工・供給では高いシェアを獲得している。また、三重県津市香良洲町にある三重工場では、水産加工食品と惣菜食品を主として月に500品目以上製造している。

日本ハム発足から10年目となる1973年、ブランドの知名度を向上させるため、プロ野球チームの運営に乗り出した。オイルショックの影響により社内に反対論があったが、のちに初代球団オーナーとなる大社が決断した。

東京を中心とする首都圏での知名度アップに大きな効果を期待し、若者の健やかな育成のために、国民的スポーツの野球をさらに盛んにしたいという熱い想いからであった。チーム名は全国から公募し、大社が「ファイトがある名前が良い」と選考した「日本ハムファイターズ」に決まった。本拠地は後楽園球場である。

日本ハムファイターズは1981年、念願のパ･リーグ初優勝を果たした。

子ども向けのウインナーが主流のなか、本物志向のお客様をターゲットにした「シャウエッセン」が1985年2月に発売された。原料に豚肉100％の粗びき肉、羊腸を使用し、ボイルして食べると「パリッ」と食感が良いことなどが特徴であるこの商品は、初年度100億円、翌1986年度は260億円を売り上げ、大変なヒット商品となった。発売と同時に放映されたCMは食べたときのパリッという音が印象的と評判になった。今年で発売から38年目を迎えるロングセラー商品である。ちなみに商品名は造語で、英語の「Show」（観る、演劇）とドイツ語の「Essen」（食卓、食べもの）で、「シャウエッセン」となった。

牛肉偽装発覚後、当社社長に就任した藤井良清のもと、一日も早くお客様からの信頼を取り戻すための具体的な対策として、各事業に分散していたお客様対応の窓口と品質保証部門の一本化とともに、社外の有識者を集めた「企業倫理委員会」の設置を行った。この不祥事を契機に、ニッポンハムグループはコンプライアンス経営を徹底。翌年2003年3月に発表した新中期経営計画では「企業風土の刷新と経営改革の推進」をテーマとし、新たなスタートを切った。

2016年（平成28年）4月、当社は海外事業を統括する海外事業本部を新設。これに伴い、加工事業本部、食肉事業本部、関連企業本部管轄下にあった海外17の国と地域・32社（2016年当時）を、同本部が全て管轄することとなった。設立の目的は、（1）自立経営の確立、（2）グローバル人財（経営者）の育成、（3）グローバル企業への先導の3点である。
傘下には3つのエリア別事業部である米州事業部、豪州事業部、アジア・欧州事業部を置いた。従来の「日本に向けた輸出拠点」という位置づけを、拠点が所在する現地や第三国向けの販売に比重を置くビジネスモデルへの転換を目指した。海外市場でも国内市場同様、食肉、ハム・ソーセージ、加工食品、水産品、乳製品などニッポンハムグループの総合力を活かした幅広い商品やサービスの提供を強力に推進することで、海外売上高の拡大を図った。

2021年4月からの新たな中期経営計画のスタートにあたり、企業理念を追求する上でのマイルストーンとして、Vision2030「たんぱく質を、もっと自由に。」を策定。Vision2030策定の背景には、3つの要素があった。1つ目は、2030年は持続可能な社会の実現に向けたSDGsの達成年度であるということ。2つ目は、中長期的な視点で2030年のビジョンを描き、そこから振り返り次期中計を策定すること。3つ目は、2030年時点における、私たちの企業理念「食べる喜び」をお届けする具体的な姿や提供価値を定義していくこと、これらがビジョン策定の背景となった。

ニッポンハムグループは、もっと自由な発想で、生きる力となるたんぱく質の可能性を広げ、環境・社会に配慮した安定供給を行い、人々が食をもっと自由に楽しめる多様な食生活を創出してまいります。